Ｑ.電車が遅れて遅刻してきた社員がいますが、遅延証明書を持ってきました。この場合は、遅れてきた時間分を遅刻扱いしてもいいでしょうか？

Ａ.会社の取り決めによります。遅刻としてもいいですし、遅刻としなくても構いません。

多くの会社では遅刻であっても遅延証明書がある場合の取扱いについては、「定時出社の扱い」をしており、遅刻控除の対象とはしていないようです。

ただし、そのような扱いをしなければならないという法的な根拠はなく、むしろノーワーク・ノーペイの原則からすれば、その時間分は遅刻控除するか、終業時刻を遅らせて所定労働時間勤務するべきとも言えます。
（この場合に終業時刻を遅らせることが残業になるかどうかは次のＱ＆Ａをご参照下さい）

しかしながら、自分の意思ではなく、公共交通機関が遅れたことによる遅刻でさえも給料を引くという扱いでは堅苦しすぎるということからか、一般的には遅延証明書があれば遅刻控除しないというのが実情と思います。

★遅延証明があれば定時出社の扱いにするとはいっても、あまりにその回数が多ければ、少しくらいの電車の遅れにも対応できるよう、もう少し早く出勤するようにという指導はすべきでしょう。

会社の取り決め次第では、同じ月で１回目までは遅延証明があれば遅刻扱いとはせず、２回目からは遅刻として扱い、遅刻控除するということも可能です。